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CUT&Tag
Cut&Tag

CUT&Tag是“Cleavage Under Targets and Tagmentation”的缩写,是一种用来研究蛋白质和DNA之间的相互作用,并确定目标蛋白质的DNA结合位点的方法,其技术目标和Chip-seq类似。CUT&Tag中,首先使细胞膜具有通透性,然后加入目标蛋白的一抗孵育,进而和二抗孵育,最后加入proteinA-Tn5和测序接头的复合物。Tn5将通过pA-抗体的相互作用定位到靶蛋白上,然后加入Mg2+激活TN5的转座酶活性,通过转座切割目标蛋白周边DNA并将测序接头连接上去。最后经过PCR即可获得测序文库。

 

Antibody-Based Tagmentation Notes

 

服务流程

您需要提供具有活性的新鲜细胞或新鲜冻存细胞,我们将完成下游的Cut&Tag、测序和生物信息学分析工作!

 

技术优势

Cut&Tag与Chip-seq比较,有无可比拟的优势

  • 样品需求少:5000个细胞即可开展;
  • 信噪比高:Cut&Tag的信噪比远远低于Chip-seq,因此通常2G的测序量即可满足分析要求;

 

 但其对细胞的活性、蛋白DNA结合强度要求较高,因此适用范围较窄,以下应用建议使用Chip-seq

  • 植物、微生物样品;
  • 冻存组织:细胞活性可能无法满足实验要求,造成实验失败;
  • 转录因子:cut&tag较适用DNA结合能力强的蛋白,如组蛋白,转录因子建议使用Chip-seq;

 

 

示例结果

案例分析

        Nature Communication : CUT&Tag高效分析小样本和单细胞的表观基因组学[1]

        本研究对比了ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag三种方法检测多种组蛋白修饰、RNAPII、 转录因子、染色质开放性的效果。

 

1.更高的信噪比

上图:三种方法检测H3K27me3修饰, CUT&Tag检测灵敏且信噪比高

        Henikoff等人在对组蛋白H3K27me3进行研究时对比使用了ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag三种方法。通过相同的数据量(8M Reads)进行比较分析发现,三种方法对应的染色体景观相似,但是ChIP-seq需要更高的测序深度才能达到去背景噪音的效果,而CUT&Tag有最低的背景噪声和最强的信号。

 

2.更高的重复性

 

上图:CUT&Tag的重现性和效率

        使用CUT &Tag、CUT & RUN和ChIP- seq三种实验方法(各两种生物学重复)鉴定染色体H3K4me1组蛋白修饰。实验数据证实CUT&Tag的灵敏度最高,实验可重复性最好。

参考文献:

[1] Kaya-Okur HS, Wu SJ, Codomo CA, et al. CUT&Tag for eficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nature Communication,2019 ,10(1):1930.

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