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scientific research
ATAC-seq(染色质可及性测序)
技术简介

染色质构象和基因表达

 

表观遗传学调控主要由3大类调控模式组成:组蛋白修饰DNA修饰和染色质构象,而前两者也会通过调控染色质构象实现其调控基因表达的功能。

 

真核生物的染色体由染色质组成,染色质则是由核小体组成。核小体是一个组蛋白8聚体和缠绕在上面的DNA组成的。核小体与核小体之间通过一段linker DNA连接。这些核小体在染色体中处于不同的染色质构象中:

 

  • 常染色质是结构比较松散的染色质,这种松散的结构使得DNA上的调控元件(启动子,增强子等)处于物理可接近的状态,从而可以被转录因子等蛋白结合,进而激活转录过程;
  • 异染色质结构比较紧密,DNA被压缩折叠,处于不可接近的状态,从而无法被转录因子等蛋白结合,无法激活转录。

 

因此,染色质构象是基因表达调控的关键手段之一。

 

 

技术原理

ATAC-seq----染色质构象的研究手段

 

ATAC-seq(Assay for transposase-accessible chromatin sequencing)是目前染色质构象研究的主流工具。其原理是,通过Tn5转座酶在细胞核内的染色质DNA上进行随机转座:

 

  • 开放区域的染色质由于DNA暴露,因此可以发生转座;
  • 紧缩区域的染色质由于DNA被压缩折叠,转座酶无法接近,因此不能发生转座。

 

转座成功的DNA被加上测序用接头序列,通过PCR扩增、高通量测序和生物信息学分析,染色质开放区域会产生测序reads,而染色质紧缩区域则无测序reads产生:染色质开放程度越高,其测序信号越强。

 

 

 

应用场景

  染色质构象变化在几乎所有的生物学过程中都发生,因此ATAC-seq应用场景极其广泛,常见的应用如下:

 

  • 发育过程中染色质构象变化及其介导的基因表达变化;

  • 特定生物学变化(如癌变)前后染色质构象变化及其介导的基因表达变化;

  • 特定对照-处理前后染色质构象变化及其介导的基因表达变化;

  • 研究非编码RNA在染色质构象调控中的功能;

  • 鉴定特定生物学过程中的主效调控的转录因子

  • 新型增强子的鉴定;

ATAC-seq作为研究三大表观调控因素之一的手段,通常与组蛋白修饰DNA修饰以及基因表达一起联合使用。

 

 

技术要点

一个好的ATAC-seq测序?

 

 

服务流程

样品交给我们,剩下的工作我们来完成!

 

 

产品优势

领先的技术优势

 

1)全物种覆盖独创全物种细胞核活性分离技术,彻底解决植物、微生物以及复杂组织无法进行ATAC-seq研究的难题,做到全物种(真核)、全组织类型兼容[点击这里:植物ATAC-seq劲爆来袭!]。

 

2)冷冻组织兼容独家CL-ATAC-seq技术,实验前固定核小体结构,维持ATAC-seq过程中染色质构象,从而使得冷冻组织ATAC-seq研究成为可能。

 

 

 

丰富的项目经验

 

1)一站式服务:提供样品处理、ATAC建库、测序和分析的全套服务;
2)项目经验丰富:已完成十多个物种、数十种组织类型的ATAC-seq服务。

 

 

代表性结果展示