DIA蛋白组学 的核心原理是采用数据非依赖采集模式，在液相色谱分离后，质谱仪按固定m/z窗口系统性碎裂所有离子，再通过谱图库或直接DIA搜索实现高通量定量。

Co-IP/MS（Co-Immunoprecipitation coupled with Mass Spectrometry） 是利用特异性抗体在温和条件下沉淀目标蛋白（bait）及其结合伙伴（prey），再通过高分辨质谱鉴定相互作用蛋白的技术。该方法可在接近生理状态下捕获动态、瞬时或弱相互作用复合物，是研究蛋白质相互作用网络、信号通路和疾病机制的金标准方法之一。

4D蛋白质组学是指在3D蛋白质组学的保留时间、质荷比、离子强度这三个维度的基础之上增加第四个维度——离子淌度的分离。4D蛋白质组学基于timsTOF Pro2质谱平台，采用平行累积连续碎裂(PASEF®)技术进行检测，让离子淌度的分离可以与四极杆质量选择同步进行，在离子累积的同时根据离子淌度分批释放，实现近100%的离子利用率。