靶向代谢组学 主要基于液相色谱-质谱联用（LC-MS/MS） 或气相色谱-质谱联用（GC-MS）技术，通过标准曲线实现绝对定量。其核心原理是利用色谱分离代谢物，再通过质谱根据质荷比（m/z）和碎裂模式特异性检测目标分子。

非靶向代谢组（Untargeted Metabolomics）是指采用LC-MS、GC-MS、NMR技术，无偏向性的检测细胞、组织、器官或者生物体内受到刺激或扰动前后所有小分子代谢物（主要是相对分子量1000 Da以内的内源性小分子化合物）的动态变化，并通过生信分析筛选差异代谢物，对差异代谢物进行通路分析，揭示其变化的生理机制。因此，如果想关注尽可能多的物质信息，适合选择非靶向代谢组学的方法。