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m6A meRIP-seq

 

m6A是最丰富的mRNA修饰,也是被研究的最清楚的RNA修饰。m6A修饰存在于mRNA、lincRNA、pri-miRNA和rRNA中。m6A修饰是一个可逆的过程,对m6A进行研究绕不开催化/擦除m6A修饰的修饰酶(Writers)...

m5C meRIP-seq

 

m5C修饰是最早发现的RNA修饰之一,最初研究表明主要分布在tRNA和rRNA上,近期研究表明,真核生物的mRNA上也存在m5C修饰,其可以维持mRNA的结构和稳定性、调控翻译过程等。

ac4C acRIP-seq

 

ac4C 是 RNA 上一种高度保守的乙酰化修饰,主要由 NAT10等酶催化,广泛存在于 tRNA、rRNA 和 mRNA 中。它能增强 RNA 结构稳定性(特别是碱基配对) ...

m7G meRIP-seq

 

m7G 是 RNA 上一种重要的甲基化修饰,主要催化酶为 METTL1/WDR4 复合物。它存在于mRNA 5'帽结构(经典 cap-m7G)或 mRNA、tRNA、rRNA 等多种 RNA 内部 ....

m1A meRIP-seq

 

m1A 是 RNA 上一种带正电荷的甲基化修饰,主要发生在腺嘌呤 N1 位,由 TRMT6/TRMT61A 等复合物催化(mRNA 上),广泛存在于 tRNA、rRNA 和 mRNA(尤其是 5'UTR 和翻译起始位点附近)....

EPITRANSCRIPTOME

RNA修饰位置鉴定(抗体法)

EPITRANSCRIPTOME

RNA修饰位置鉴定(抗体法)

ac4C Reda C:T-seq

 

ac4C RedaC:T-seq 是一种单碱基分辨率检测 RNA ac4C修饰的高通量测序技术。它通过化学还原转化实现 C→T 突变信号,从而精确定位 ac4C 位点,避免了抗体依赖方法的局限性。

m5C bsRNA-seq

 

与DNA的BS-seq类似,bsRNA-seq利用重亚硫酸盐处理时,会发生脱氨基反应,最终从胞嘧啶(C)转换成尿嘧啶(U);如果胞嘧啶发生了m5C甲基化修饰,这个转换则无法发生,处理之后仍然是胞嘧啶...

EPITRANSCRIPTOME

三代RNA修饰单碱基鉴定

Nanopore Direct RNA-seq

 

Nanopore Direct RNA-seq可实时捕捉碱基穿过纳米孔产生的电流信号。由于修饰碱基与普通碱基的电信号特征存在差异,通过专用算法分析信号数据,便能直接解析RNA分子的修饰信息,是RNA修饰检测的优质技术方案。

EPITRANSCRIPTOME

RNA结合蛋白(RBP)结合位置鉴定

EPITRANSCRIPTOME

RNA二级结构鉴定

RIP-seq

 

RIP-seq通过免疫沉淀目的蛋白来捕获蛋白体内结合的RNA,将捕获的RNA进行高通量测序,可获得RNA结合蛋白(RBP)在体内与众多RNA靶标的结合模式及其结合强度...

LACE-seq

 

LACE-seq依据eCLIP-seq基本实验原理:交联形成蛋白-RNA复合物,逆转录过程在交联位点终止,并在此基础上优化eCLIP-seq实验显影切胶操作复杂的缺点,实现以单碱基分辨率鉴定RBP在全转录组范围内的结合位点。

eCLIP-seq

 

eCLIP-seq改进了RNA片段文库制备、省略了RNA放射标记和放射自显像步骤、使用片段大小匹配的input作为背景,这些措施减少样品起始量、降低了扩增循环数、提高了RBP靶标的识别、增加了可用测序数据比例、提高了信噪比和重复性。

dsRNA dsRIP-seq

 

dsRNA 是由两条互补 RNA 链形成的双螺旋结构,广泛存在于细胞中,包括来自反转录转座子、线粒体 RNA、重复序列等内源性 dsRNA。能够激活先天免疫响应、调控 RNA 加工、翻译、病毒防御等...

rG4 RIP-seq

 

rG4 是富含鸟嘌呤(G)的 RNA 序列在生理条件下形成的非经典二级/三级结构,由四个鸟嘌呤通过 Hoogsteen 氢键形成 G-四联体平面,再堆叠而成。它广泛存在于 mRNA 的 5'UTR、3'UTR、编码区以及非编码 RNA 中...