ChIP后DNA建库问题及解决方案
ChIP后富集的DNA总量常常只有ng级。相比组蛋白修饰，转录因子的ChIP后DNA总量往往更低，一般在10ng以下。除了DNA得率外，Input/IP DNA的纯度和片段分布、磁珠纯化、DNA模板/Adapter投入量等都会影响建库的成功率，可能导致文库产出低/无产出、文库存在大量接头二聚体等问题。本期，针对ChIP后DNA建库可能出现的问题，小编分享一下康测科技这方面的成功经验，希望可以对大家的科研带来帮助~
问题：文库产出低或无产出
可能原因：
DNA纯度差：Input/IP DNA制备过程中带入高浓度金属离子螯合剂或其他盐，可能会影响End repair步骤的效率；
解决办法：Input/IP-DNA提取方式采用柱式法进行回收或者建库前将模版DNA使用2XNGS磁珠进行纯化去除杂质干扰；
文库纯化环节中磁珠干燥过度或者干燥不充分：产物洗脱前应将磁珠置于室温干燥。干燥不充分容易造成无水乙醇残留影响后续反应;过分干燥又会导致磁珠表面可能会出现龟裂，导致DNA难以洗脱，得率降低；
解决办法：磁珠洗涤后弃掉上清后进行闪甩，在磁力架上用10 μL枪头吸尽管底残余乙醇，同时室温干燥5-10min，肉眼及时观察磁珠状态；
Input/IP-DNA片段分布不合格：正常DNA片段化分布要求主峰在200-500bp之间，因为二代测序的文库分布标准为300-500bp，可以理解为我们的文库插入片段长度在200-400bp之间，若Input/IP-DNA分布存在异常，则我们投入相同量的模版，实际用于文库构建的DNA量其实低于正常量，因此，导致文库产出低，文库中不同片段的扩增效率也会不一致；
解决办法：调整Input/IP-DNA片段化条件，使其主要分布在200-500bp；建库前对模版DNA进行纯化或者分选去除大片段或者小片段。
问题：文库存在接头二聚体（Adapter Dimer）
可能原因：
DNA模板投入量与接头的使用量不匹配：过量的Adapter会产生Adapter Dimer；Adapter投入量不足又会影响连接效率进而导致文库产出降低；
解决办法：因此需要根据模版量确认接头使用浓度
样本特性：损伤较为严重的DNA存在接头连接效率低；
解决办法：可对接头连接后的产物进行2次磁珠纯化。这样可以显著降低Adapter或Adapter Dimer的残留水平；或者增加DNA模版的投入量；
磁珠分选比例不恰当：若PCR产物Adapter Dimer条带比较亮，按常规0.6X+0.2X进行分选可能就无法完全去除；
解决办法：文库PCR产物分选环节二轮分选中应该适当减少磁珠使用量，使用0.6X+0.1X进行分选；或文库进行0.6X+0.2X二轮分选完后采用0.7X将文库进行纯化。
总之，ChIP后DNA建库过程中的每一个环节都至关重要，任何一个小问题都可能影响最终的实验结果。希望大家在注意以上细节后，都能获得高质量的DNA文库！
ChIP为什么选康测？
康测目前已完成数千个IP（ChIP、RIP、CLIP、MeRIP）项目，包括50多个物种的各类蛋白，如组蛋白（H3K4me3、H3K9me3、H3K27me3、H3K36me3、H3K14ac等）、转录因子、解旋酶、剪接因子，不惧复杂组织挑战，成功率近100%。并提供实验原始图片，审核无忧！若想了解更多关于ChIP-seq的内容，欢迎留言/私信小编哦，更多ChIP-seq高分文献解读、示例报告等着大家~
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关于康测
康测致力于先进组学技术的开发和在生物医学研究领域的应用，建立了涵盖基因组学、表观基因组学、转录组学、表观转录组学、免疫组学和互作组学的全面组学服务体系。而在医学检测方面，康测基于自主研发的SMP（Stranded Multiplex PCR）靶向测序技术，可提供检测灵敏度和特异性均为100%的MRD一站式自动化解决方案。
康测提供全面的基因表达调控研究工具
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