生信小课堂•用云平台使用edgeR进行差异分析

 

 

 

 

最近，小安和小七因为分析结果不同吵了起来：同一份RNA-seq数据进行差异分析，同一个基因在小安的分析中算作差异基因，但在小七的分析中却不算。她们都觉得对方的分析有问题。

 

她们似乎忽略了分析工具不同所带来的差异。。。

 
01 工具简介
 
前期康测科技生信小课堂曾讲解过一种主流的差异分析工具-DESeq2。本期，生信小课堂将重点介绍另一种在文献中高频使用的差异分析工具-edgeR。
 
edgeR（Empirical analysis of Digital Gene Expression in R）常用于检测不同样本或处理条件之间的基因表达差异。与DESeq2一样，edgeR也是利用负二项分布模型进行检验。当利用DESeq2和edgeR对同一份数据进行差异分析时，在相同阈值下，两者获得的差异基因大部分是一样的。但是，由于DESeq2和edgeR对数据离散度的评估标准不同，也存在着少数基因在一种分析中是差异基因，而在另一种分析中不是。相较DESeq2，edgeR灵活性更好，在有/无生物学重复时都可进行差异分析。
 
因此，当预先关注的基因不在差异基因列表中时，不妨更换差异分析工具再试试看。康测科技edgeR差异分析云工具可自由选择分组信息、P值校正方法、显著性指标和阈值，零代码操作，高效便捷。
 
图1 文献中的差异分析图
02 康测科技edgeR差异分析云工具
 
1.页面模块化，功能划分简洁
 
从左往右依次为导航栏、使用指南、数据预览、参数设置和问题解答。
 
图2 工具初始界面
 
2.零代码操作，参数自由设置
 
（1）自由选择“分组”
 
工具支持自定义分组信息，可根据输入数据自由设置，Treat即为处理组信息，Control即为对照组信息。
 
图3 自定义分组
 
（2）自由选择阈值
 
工具支持自定义选择显著性指标（默认为P-Value），可根据输入数据自由设置阈值大小进行差异分析。
 
图4 自由选择阈值
 
（3）自由设置差异倍数
 
工具支持自定义差异倍数，可根据输入数据自由设置。
 
图5 自由选择差异倍数
 
03 康测科技云分析平台试用
 
康测科技云分析平台整合超过100种组学分析工具，配备详细、精炼的讲解视频和工具文档，全程零代码、自主参数设置。如果您有使用需求，可私信小编，小编将给您发送试用账号~
 
链接：http://www.seqcloud.cc:8888
 
04 参考文献
 
1. Mark D Robinson, Davis J McCarthy, Gordon K Smyth. edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data[J]. Bioinformatics, 2010
 
2. Davis J McCarthy, Yunshun Chen, Gordon K Smyth. Differential expression analysis of multifactor RNA-Seq experiments with respect to biological variationp[J]. Nucleic Acids Research, 2012
 
3. Yunshun Chen, Aaron T L Lun, Gordon K Smyth. From reads to genes to pathways: differential expression analysis of RNA-Seq experiments using Rsubread and the edgeR quasi-likelihood pipeline[J]. F1000Research, 2016
 
4. Ying Zhu, Jing Fang Bian, Da Qian Lu, et al. Alteration of EIF2 Signaling, Glycolysis, and Dopamine Secretion in Form-Deprived Myopia in Response to 1% Atropine Treatment: Evidence From Interactive iTRAQ-MS and SWATH-MS Proteomics Using a Guinea Pig Model[J]. Front Pharmacol, 2022
 
5. Jiaxin Peng, Fei Feng, Gang Zhang, et al. Transcriptome Analysis Reveals the Inhibitory Effect of Cu2+ on Polyferric Sulfate Floc Reduction by Shewanella putrefaciens CN32[J]. Appl Biochem Biotechnol, 2023
 

热门工具推荐

 
 
生信小课堂：用云平台DESeq2进行差异分析
 
对基因集进行差异分析？除了用MSigDB搞GSEA，文献中还这样做......
 
生信小课堂•用云平台使用ClusterProfiler进行GO富集分析
 
 

更多平台

 

bilibili

（长干货科普）

 

视频号

（产品知识分享）

 

小红书

（短干货科普）

 
 
 
点个“在看”再走呗（右下角）
 

 

关于康测

 

康测致力于先进组学技术的开发和在生物医学研究领域的应用，建立了涵盖基因组学、表观基因组学、转录组学、表观转录组学、免疫组学和互作组学的全面组学服务体系。而在医学检测方面，康测基于自主研发的SMP（Stranded Multiplex PCR）靶向测序技术，可提供检测灵敏度和特异性均为100%的MRD一站式自动化解决方案。
康测提供全面的基因表达调控研究工具
康测提供高度自动化MRD一站式解决方案
 

 

创建时间：2024-12-05