生信小课堂·用云平台绘制基因表达变化的组合图

 
 
01 工具简介
 
生物发育、药物研发、疾病机制研究中往往会重点关注基因表达的变化趋势,有没有一种无需代码基础、简单好用的分析工具可以实现这一需求呢?最好结果看起来还比较“高大上”。那么,康测科技云平台的热图/趋势图/注释云工具一定能够满足你!
 
该工具使用mfuzz或kmeans聚类算法将时间序列转录组数据分成不同的cluster,计算最佳聚类数,然后绘制热图和每个cluster线图(或者箱型图)的组合图,非常直观地展示各基因表达量的变化趋势。
 
图 1 文献中的趋势分析
 
02 康测科技热图/趋势图/注释云工具
 
1. 页面模块化,功能划分简洁
 
 
从左往右依次为导航栏、使用指南、数据预览、参数设置和问题解答。
 
图2 工具初始界面
 
 
2. 零代码操作,参数自由设置
 
 
通过云工具系统进入对应工具后,即可看到左侧的工具介绍,使用方法与示例图片;在右侧参数设置分页,可以调节各项分析参数,例如聚类方法和调整色盘等。
 
可以通过右侧的示例文件按钮来直观地参考输入文件格式,在制作好输入文件后,可以通过放大镜形状的输入文件按钮来上传数据。注意:上传数据需要是制表符分隔的文本文件,xls或xlsx等表格格式,可以点击左侧蓝色的“表格格式转换工具”来进行格式调整。
 
图3 文件选择页
 
 
点击上传文件按钮选择本地文件进行上传。上传的文件均保存在data路径中,单击data进入该路径后即可浏览浏览输入文件,task路径下则存放着其他任务的输出文件,便于连续操作。也可在页面上方搜索目标文件。搜索时请单击查询按钮,不要使用回车(Enter)建。
 
若使用kmeans聚类方法,或使用mfuzz方法时选择不显示注释,则仅需输入如下图的定量矩阵文件:
 
图4 定量矩阵文件详解
 
 
如上图所示,标准输入格式为:文件中第一行为列名,第一列的列名为Gene Name,其余列为各样本名。除第一行外,第一列为各基因名称,其余列为各样本中该基因的表达量。
 
接下来只需调整所需的参数。若是首次运行,可以选择“获取聚类数”,此方法下将仅生成聚类数折线图,方便选择聚类数量。
 
图5 首次运行时的配置面板
 
 
此时点击运行,将生成聚类数图,可以看到此时最佳聚类数量是8:
 
图6 获取最佳聚类数量结果图
 
 
若已经获取到最佳聚类数量,即可将“获取聚类数”选否,并输入上一步得到的聚类数量,设定其各项细节。若上传了注释文件,可以选择显示注释以绘制更详细的热图。
 
图7 聚类热图配置面板
 
 
在选择好对应的各项参数后,即可点击运行开始生成。本工具所需时间稍长,会自动为您跳转到云任务界面,待其生成完毕,即可点击绿色按钮查看结果文件。
 
图8 云任务界面
 
图9 最终输出文件示例
 
 
03 康测科技云分析平台试用
 
康测科技云分析平台整合超过100种组学分析工具,配备详细、精炼的讲解视频和工具文档,全程零代码、自主参数设置。如果您有使用需求,可私信小编,小编将给您发送试用账号~
 
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04 参考文献
 
Jiwei Hou, Qijian Ji, Tianyu Tang, et al. CT-sensitized nanoprobe for effective early diagnosis and treatment of pulmonary fibrosis[J]. Journal of nanobiotechnology vol,2025‌‌
 
 

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关于康测

 

康测致力于先进组学技术的开发和在生物医学研究领域的应用,建立了涵盖基因组学、表观基因组学、转录组学、表观转录组学、免疫组学和互作组学的全面组学服务体系。而在医学检测方面,康测基于自主研发的SMP(Stranded Multiplex PCR)靶向测序技术,可提供检测灵敏度和特异性均为100%的MRD一站式自动化解决方案。
康测提供全面的基因表达调控研究工具
康测提供高度自动化MRD一站式解决方案
 
 

 

创建时间:2025-02-12