Adv. Sci.康测科技愈伤组织ChIP-seq助力西北农大客户解析MdHB7L调节苹果耐冷性机制

【题目】The MdHB7L–MdICE1L–MdHOS1 Module Fine-Tunes Apple Cold Response via CBF-Dependent and CBF-Independent Pathways
【发表期刊】Advanced Science
【发表时间】2025年4月26日
【IF】14.3
【发表单位】西北农林科技大学
【康测科技提供技术】ChIP-seq

低温是影响植物生长和发育的关键环境因素,它限制植物的地理分布,并对产量和质量产生负面影响。根据温度范围和涉及的生理机制,植物中低温胁迫(cold stress)分为两种类型:冷胁迫(chilling stress)(0-15℃)和冻胁迫(freezing stress)(< 0℃)。低温胁迫会破坏细胞膜结构,导致细胞外水势降低、离子渗漏增加以及丙二醛(MDA)含量升高。此外,它还会触发活性氧(ROS)的过量产生。为了应对低温胁迫,植物开发出复杂的机制,涉及生理和生化过程的改变,并伴随数以千计基因的修饰表达。
HD-Zip(homeodomain-leucine zipper)TF(transcription factor)家族在调节植物生长、发育以及生物或非生物胁迫响应中发挥关键作用。然而,HD-Zip TFs在苹果低温胁迫响应中的作用和潜在机制尚不明确。
2025年4月26日,西北农林科技大学园艺学院马锋旺、毛柯老师共同通讯在Advanced Science(IF14.3)上发表了题为“The MdHB7L–MdICE1L–MdHOS1 Module Fine-Tunes Apple Cold Response via CBF-Dependent and CBF-Independent Pathways”的研究文章,揭示了MdHB7L–MdICE1L–MdHOS1模块调节苹果低温胁迫响应的分子机制。研究鉴定HD-Zip TF MdHB7L为提高苹果耐冷性的关键因子。MdHB7L可以与MdICE1L相互作用,也能直接结合MdCBF启动子以激活基因表达。而MdICE1L抑制MdHB7L与MdCBF启动子的直接结合。联合ChIP-seq和RNA-seq,研究发现MdHB7L直接调控涉及ROS清除以及花色素苷、可溶性糖和脯氨酸生物合成的几个关键基因的表达,从而增强苹果的耐冷性。E3泛素连接酶MdHOS1介导MdHB7L和MdICE1L的泛素化和降解,从而负调控耐冷性。值得注意的是,MdHOS1优先与MdICE1L互作并促进降解。这种偏好抑制了MdHOS1与MdHB7L互作并稳定了MdHB7L,使得MdICE1L降解后MdHB7L仍能作为TF维持植物的低温胁迫响应。研究为MdHB7L–MdICE1–MdHOS1模块介导的植物对低温胁迫的动态响应机制提供了新的见解。

康测科技为本研究提供ChIP-seq技术服务。对MdHB7L-Myc转基因苹果愈伤组织利用抗Myc抗体进行ChIP-seq以鉴定MdHB7L的靶基因。结果共鉴定到9035个peaks;大多数peaks分布在基因间区(38.32%)和启动子区(28.16%);TSS附近存在明显富集;鉴定到4219个peak关联基因,包括MdCBF1 (MD07G1262900);GO分析表明peak关联基因主要参与对各种胁迫和激素的响应;KEGG分析表明大多数基因参与激素的生物合成和信号传导以及苯丙烷类、黄酮类、二萜类、α-亚麻酸和各种氨基酸的生物合成和代谢,这些都对耐冷性十分重要。
联合ChIP-seq和RNA-seq进一步缩小MdHB7L靶基因的筛选范围(RNA-seq: Fold Change (FC)≥2,padj<0.01;ChIP-seq: FE≥2,p<0.01,promoter region),共获得49个重叠基因,包括过氧化物酶编码基因MdPRX52 (MD04G1170900)和MdPRX53 (MD03G1013600)、胁迫响应基因MdRD26 (MD15G1079400);ChIP-qPCR证明MdHB7L结合MdPRX52、MdPRX53和MdRD26启动子。
降低筛选阈值(RNA-seq: FC≥2,padj<0.05;ChIP-seq: FE≥1.5, p<0.05,promoter region),联合ChIP-seq和RNA-seq再次鉴定MdHB7L的靶基因。结果获得199个重叠基因,包括MdPAP2 (MD17G1261000)、MdERDL6-7 (MD13G1175900)、MdERD5 (MD17G1070700);此外,ChIP-seq表明MdHB7L结合MdERDL6-1 (MD15G1026400);ChIP-qPCR证明MdHB7L结合MdPAP2、MdERDL6-7、MdERD5、MdERDL6-1。再结合这些基因已报道的功能,说明MdHB7L可能通过调节涉及花色素苷、可溶性糖和脯氨酸生物合成的关键基因的表达,从而增强苹果的耐冷性。
总之,ChIP-seq联合RNA-seq为鉴定MdHB7L的靶基因,进而解析MdHB7L调节苹果耐冷性的分子机制提供助力。



Jie Yang, Na Li, Ming Li, et al. The MdHB7L–MdICE1L–MdHOS1 Module Fine-Tunes Apple Cold Response via CBF-Dependent and CBF-Independent Pathways[J]. Advanced Science, 2025

电话:027-65527552
邮箱:seqhealth@seqhealth.cn
网址:www.seqhealth.cn
地址:武汉市江夏区东湖新技术开发区高新六路99号南山·光谷自贸港A栋6楼
关于康测
康测致力于先进组学技术的开发和在生物医学研究领域的应用,建立了涵盖基因组学、表观基因组学、转录组学、表观转录组学、免疫组学和互作组学的全面组学服务体系。而在医学检测方面,康测基于自主研发的SMP(Stranded Multiplex PCR)靶向测序技术,可提供检测灵敏度和特异性均为100%的MRD一站式自动化解决方案。

康测提供全面的基因表达调控研究工具

康测提供高度自动化MRD一站式解决方案
联系我们
地址:武汉市江夏区东湖新技术开发区高新六路99号南山·光谷自贸港A栋6楼
邮箱:seqhealth@seqhealth.cn
电话:027-65527552
热门服务
关注康测公众号