目前在组织特异性染色质背景下鉴定体内(invivo)转录因子全基因组结合位点的主流技术是ChIP-seq，但由于需要转录因子特异性抗体或构建转基因材料等限制了其应用。DAP-seq (DNA affinity purification sequencing)通过体蛋白表达技术获得带亲和标签的转录因子蛋白，与基因组DNA在体外结合并回收DNA，最后进行高通量测序和生信分析鉴定转录因子全基因组的结合位点。DAP-seq具有无需特异性抗体、物种适用范围广以及材料准备成本低等优势，特别适合大规模转录因子结合位点的研究。
| 样品准备 | 测序策略 | 推荐数据量 | 项目周期 |
| 质粒、组织/gDNA等 | NGS PE150 | 6G/文库 | 50个自然日 |
项目流程
| 预分析 | 基础分析 | 多组学联合分析 |
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1.原始数据质控. 2.参考基因组比对 |
1.Peak calling 2.Peak注释 3.motif分析 4.差异Peak分析 |
技术优势
- 一站式服务:可完成从体外蛋白表达，DNA提取，亲和纯化，文库制备，上机测序到数据分析的一站式服务。
- 优化的实验流程:实验采用预验证的商业化抗体和精心优化的流程，具有极高的效率和特异性。
- 严格的质控:实验的各个关键步骤进行严格的质控，全程监控实验质量，确保客户得到优质的数据。
- 自动化工作站:可在1天时间内完成32个样品的平行实验，缩短项目周期、提高结果稳定性。
结果展示
- A:Peak相关基因Reads分布图
- B:Peak在TSS分布
- C:Reads在TSS分布
- D:peak在基因组功能区分布
研究思路
水稻转录因子OsbZIP09功能及其调控穗发芽的分子机制解析
穗发芽是全球性农业生产灾害。水稻穗发芽不但降低稻米产量和品质，还影响制种质量。作者在发掘水稻穗发芽抗性新基因过程中，发现OsbZIP09突变能引起穗发芽抗性。
OsbZIP09具转录激活活性，且定位于细胞核中，是一个典型的转录因子。因此，作者利用DAP-seq研究OsbZIPO9与基因组的结合情况(见图A、B、C)。随后结合RNA-seq数据，作者系统鉴定了受OsbZIPO9直接调控且在水稻种子萌发过程中发挥重要作用的靶基因(下图D、E)。
参考文献: Zhu CC, ang CX Lu CY Wang JD, Zhou Y, Xiong M. Zhang CQ Liu QQ Li OF Genome-Wide ldentification and Expression Analysis of OsbzlPo9 Target Genes in Rice Reveal Its Mechanism of Controlling Seed Germination. Int. J. Mol. Sci. 2021; 22(4):1661.
DAP-seq
