确定基因启动子区域对于很多生物学问题来说非常重要，例如启动子可能影响特定条件和组织特异性的基因调控过程、5'UTR长度的选择、以及非编码区遗传变异对基因表达的影响等等。根据文献报道，以人为例，大约54%基因都有2个以上的转录起始位点Transcription Start Site,TSS)，因此精准定位TSS往往可以揭开这些调控机制。由于真核生物mRNA的5'端具有帽子结构，因此可以通过加帽位点来确定TSS。CAGE-seq(Cap analysis of geneexpression and deep Sequencing)可以通过识别加帽位点来对所有mRNA的TSS进行鉴定，传统的CAGE-seq建库流程较为复杂和繁琐，康测科技改良了传统CAGE-seq建库方式，推出UIDCAGE-seq，可以通过UID精准定量，获得更为准确的结果。

项目流程

产品优势

nanoCAGE的问题在于没有cap的RNA逆转录之后仍有一定比例会发生。TDT，进而链置换生成文库，从测序数据中是无法区分来自CAP的序列和其他来源的序列的，因此会产生一定的假阳性;

为了解决这个问题，我们对NanoCage的方法进行了改进，其原理如下:

(1)主动对非Cap结构的RNA进行了消解和去除，降低假阳性来源;

(2)使用连接而非Templateswitch进行测序接头的添加:只有严谨的GGG:CCC配对连接才能发生，降低了非cap来源TDT-cDNA的使用率，降低假阳性;

(3)建库过程中加入UMI分子标签，去除PCR重复以获取更为准确的定量结果。

结果展示

• A:Reads在基因组功能区的分布
• B：Reads在基因TSS附近的分布
• C:基于Reads的表达、差异表达分析
• D:CTSS鉴定及样品中分布统计
• E：TSS在基因组功能区分布
• F:基因可变TSS使用情况统计

研究思路

CAGE-seq联合RNA-seq发现淋巴管内皮细胞(LEC)特异性表达的LETR1 IncRNA，可以调控细胞迁移和增殖

1.通过CAGE-seq+RNA-seq描绘人淋巴和血管内皮细胞特异性表达IncRNA图谱，获得几个候选IncRNA;

2.进一步进行候选IncRNA的siRNA干扰实验，再次通过CAGE-seg+RNA-seg确定LETR1是LEC转录调控的关键IncRNA;

3.深度RNA-DNA、RNA-蛋白互作研究和表型挽救分析表明LETRI是一种核内反式作用IhcRNA，证明其通过调控关键转录因子靶标KLF4和SEMA3C的表达，调控LEC的增殖和迁移能力。