RIP-seq(RNA免疫沉淀结合高通量测序)通过免疫沉淀目的蛋白来捕获蛋白体内结合的RNA，将捕获的RNA进行高通量测序，可获得RNA结合蛋白(RBP)在体内与众多RNA靶标的结合模式及其结合强度。最终通过分析目的蛋白在体内结合RNA的动态变化，阐述出目的蛋白对基因表达调控的分子机制，RIP-seq也被应用于miRNA靶标鉴定、IncRNA生物学功能研究等。
|
样品准备
|
测序策略
|
推荐数据
|
项目周期
|
|
2x107细胞量 组织干重≥200mg |
NGS PE150
|
6Gb/文库
|
50个工作日
|
项目流程
技术优势
- 领先的技术:有上千次IP锤炼出来的IP体系，涉及各种类型蛋白，包括RNA修饰相关蛋白(METTL3、NSUN2、YTHDF1/2/3等)、剪接因子(SRSF1等)、外切酶(XRN1等)等。
- 自动化IP工作站:国内唯一的自动化IP工作站，可以在1天时间内完成32个样品的平行IP实验，缩短项目周期、提高结果稳定性。
- 个性化分析报告，多组学联合分析帮助解析RBP调控机制。
结果展示
A:IP质检结果(IP-上清:抗体免疫沉淀上清中目的蛋白检测，Input:样品裂解液中目的蛋白检测，IP:抗体富集目的蛋白检测，IgG:lgG富集目的蛋白检测);
B:peak在各功能区覆盖度;
C:reads在基因上覆盖情况;
D：Peak在基因各功能区的分布统计;
B:peak在各功能区覆盖度;
C:reads在基因上覆盖情况;
D：Peak在基因各功能区的分布统计;
E:通过差异分析鉴定RBP结合RNA种类。
案例解析
Pre-mRNA剪接是调节基因表达的基本过程，由大型剪接体复合物催化，该复合物由小核糖核蛋白(U1，U2，U5,U4/U6 snRNPs)五个核心成分和许多非snRNPs组成。
通过突变体筛选和体外RNA结合实验，作者猜测蛋白DHT1可能参与pre-mRNA的剪接过程。因此，作者开展RIP-seg探究与DHT1结合的靶标转录本。结果显示，许多SsnRNA的转录本(即U1 snRNA，它们是剪接体的主要组成部分)与DHT1结合(图A~F)，进一步证实DHT可能作为U1snRNP的组成部分，并在内含子剪接过程中参与剪接体复合物的组装。将DHT结合的靶标和发生差异剪接事件的基因取交集，获得了116个DHT1参与可变剪接的靶标。其中，D14基因转录本唯一内含子两侧的外显子中具有明显的结合峰(图G)。
参考文献: T. Liu, X. Zhang, H. Zhang et al, Dwarf and High Tillering1 represses rice tllering through mediating the splicing of D14 pre-mRNA. Plant Cell. 2022;34(9):3301-3318.
RIP-seq
