RNA结合蛋白（RBP）的功能主要为调节基因表达、控制RNA在细胞内的加工、运输和翻译的时间、地点和速率。RBP通过与靶RNA分子相互作用在细胞生理中起着至关重要的作用。
紫外交联免疫沉淀测序（CLIP-seq）是常用的研究RBP对RNA加工影响的方法，能够以单核苷酸精度鉴定RNA结合位点。经典CLIP-seq在技术上具有挑战性，实验失败率很高，并且获得的CLIP-seq文库通常复杂度低，导致大量数据因无法使用被丢弃。
为了提高文库生成效率，增强紫外交联免疫沉淀测序（eCLIP-seq）应运而生。eCLIP-seq改进了RNA片段文库制备、省略了RNA放射标记和放射自显像步骤、使用片段大小匹配的input作为背景，这些措施减少样品起始量、降低了扩增循环数、提高了RBP靶标的识别、增加了可用测序数据比例、提高了信噪比和重复性。
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样品准备
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测序策略
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推荐数据量
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项目周期
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1x107细胞
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NGS PE150
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3~10 G/文库
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60个自然日
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建库流程
生物信息学分析
| 预分析 | 基础分析 | 多组学联合分析 |
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1.原始数据质控
2.UMI去重纠错
3.参考基因组比对
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1.Peak分析
2.Peak基因注释
3.功能富集分析
4.Motif分析
5.差异peak分析
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技术优势
- 领先的技术：我们有上千次IP锤炼出来的IP体系，涉及各种类型蛋白， 包括剪接因子等。
- 自动化IP工作站：国内唯一的自动化IP工作站，可以在1天时间内完成32个样品的平行IP实验，缩短项目周期、提高结果稳定性。
- 严格的质量控制：对IP抗体进行严格的质检和效价评估，对实验体系耐心优化，并提供详细的质检报告，可供文章发表使用。
- 灵活的分析：个性化分析报告，多组学关联分析帮助解析RBP结合RNA 调控机制。
项目结果
文献解读
METTL3以m6A非依赖方式增强翻译并促进肿瘤发生
METTL3在胃癌患者肿瘤组织中表达上调，由于METTL3是m6a修饰的主要催化酶，研究者进行了m6A测序（meRIP-seq）及METTL3结合RNA测序（eCLIP-seq，图a）。然而，绝大部分与METTL3结合的mRNA位点没有m6a修饰（图b），暗示METTL3促癌过程与其甲基化功能无关。定位实验显示，与在正常细胞（GES-1、NGEC）中定位于细胞核不同， METTL3在胃癌细胞（MGC-803、HGC-27）中主要位于细胞质（图c）。 研究者构建了仅定位于胞质的METTL3突变体，eCLIP-seq显示野生型与突变型结合的靶基因大部分相同（图d），且主要分布在3'UTR（图e）。多聚核糖体图谱结果显示，过表达METT3时多聚核糖体增加，敲低METT3时多聚核糖体减少（图f），表明METTL3能够促进翻译。
综上，这项研究发现METTL3促癌不依赖于其甲基化修饰活性，而是定位于细胞质中促进翻译过程。
eCLIP-seq
