相比RIP-seq，为了提高鉴定RBP(RNA结合蛋白)结合序列的分辨率，开发的技术中以CLIP-seq及其衍生技术最为通用。LACE-seq依据eCLIP-seq基本实验原理:交联形成蛋白-RNA复合物，逆转录过程在交联位点终止，并在此基础上优化eCLIP-seq实验显影切胶操作复杂的缺点，实现以单碱基分辨率鉴定RBP在全转录组范围内的结合位点。

技术原理

技术对比

结果展示

• 1.Peak在RNA功能元件分布
• 2.Gene track
• 3.数据库收录motif
• 4.实测motif

研究思路

NSUN2介导的IRF3 mRNA的m5C修饰在各种病毒感染期间负调控I型干扰素反应

1.NSUN2是型干扰素反应的负调节因子。在不同病毒感染期间，NSUN2的表达水平显著降低以增强抗病毒|型干扰素反应。

2.NSUN2可以特异性地抑制IRF3的表达，从而负调控病毒感染后的I型干扰素反应。

3.NSUN2在体外和体内均能催化IRF3 mRNA发生mSC修饰，通过LACE-seq鉴定到NSUN2精确结合位置为IRF3的5'UTR区域;随后使用bsRNA-seq发现其它mSC位点。整体上看，IRF3 mRNA的mSC修饰可以使其降解，降低其蛋白水平。通过点突变验证NSUN2调控IRF3依赖于其甲基转移酶活性。同时，IRF3介导的IFNB1和下游ISGsmRNA水平降低。

4.m5C修饰的缺失可以提高IRF3 mRNA的稳定性并增强IFN-B的产生，IRF3 mRNA中的高度甲基化胞嘧啶在NSUN2介导的抗病毒反应的调控中起到关键作用。

5.小鼠模型验证病毒感染会导致NSUN2的内源性表达水平降低，从而增强机体抗病毒反应。