产品概述

RNA分子在细胞内不仅以单链形式存在，还能通过碱基互补配对形成双链结构。dsRNA（double-stranded RNA）广泛参与多种重要生物学过程，包括先天免疫响应、RNA干扰（RNAi）、病毒复制防御、转录后调控以及mRNA稳定性控制等。在真核细胞中，内源性dsRNA可来源于反义转录本（antisense RNA）、重复序列转录、基因组双向转录或RNA二级结构中的双链区域。细胞通过dsRNA结合蛋白（dsRBPs）和模式识别受体（如TLR3、MDA5、RIG-I）识别dsRNA，从而触发免疫信号或调控基因表达。

dsRNA的形成是动态的，在发育、应激、病毒感染、癌变等过程中会发生显著变化。过量或异常dsRNA可激活抗病毒免疫，而适度dsRNA则参与精细的基因调控。传统RNA-seq难以特异性区分和富集dsRNA区域，而dsRNA dsRIP-seq利用dsRNA结构特异性抗体（如J2单克隆抗体）富集dsRNA，实现全转录组水平的dsRNA图谱绘制，帮助科学家解析dsRNA在基因表达调控和免疫响应中的功能。

技术原理

dsRNA dsRIP-seq 是基于结构特异性抗体的RNA免疫沉淀测序技术。其核心原理是利用高特异性dsRNA抗体（如J2抗体）在温和条件下识别并富集细胞内形成双链结构的RNA片段，随后通过高通量测序鉴定这些dsRNA相关区域。

主要实验流程：

• 1.RNA提取与质量控制：从细胞或组织中提取总RNA（或poly(A)富集mRNA），保持天然结构（避免高温变性）。
• 2.免疫沉淀（dsRIP）：使用J2等dsRNA特异性抗体与RNA孵育，特异结合dsRNA片段；磁珠捕获抗体-RNA复合物，洗脱后获得富集的dsRNA。同时保留Input（总RNA）对照。
• 3.文库构建与测序：对IP和Input样本进行片段化、逆转录、接头连接、PCR扩增，构建测序文库，进行高通量测序。
• 4.生物信息学分析：原始数据质控 → 比对到参考转录组 → 富集分析（IP vs Input）→ dsRNA区域鉴定（长度、序列特征）→ 差异分析、功能注释及与其它组学整合。

结果解读：IP样本中显著富集的转录本或区域即为dsRNA相关序列。通过与对照（如RNase III消化）对比，可验证双链结构依赖性。dsRNA富集程度越高，信号越强。

应用场景

dsRNA在免疫防御和基因调控中发挥关键作用，dsRNA dsRIP-seq 应用场景广泛，尤其适用于研究结构驱动的RNA生物学。常见应用包括：

• 1.发育与分化过程中dsRNA动态形成及其对基因表达和免疫调控的影响；
• 2.疾病（如肿瘤、自身免疫病、病毒感染）前后dsRNA谱变化及其介导的异常响应；
• 3.特定处理（如应激、病毒感染、药物）前后dsRNA相关RNA变化及其功能机制；
• 4.dsRNA与dsRNA结合蛋白（dsRBPs）或RNA修饰的相互作用研究；
• 5.鉴定dsRNA主导的调控元件和免疫激活位点；
• 6.新型dsRNA相关转录本鉴定及与疾病关联分析（包括mRNA药物中dsRNA副产物检测）。

dsRNA dsRIP-seq 作为RNA结构研究的重要手段，通常与RNA-seq、CLIP-seq、Ribo-seq、dsRNA-seq以及蛋白质组学数据联合使用，提供从结构形成到功能输出的完整调控网络洞见。

服务流程