总页 ꄲ 表观转录组学 ꄲ m1A meRIP-seq

产品概述

表观转录组学是表观遗传学的重要分支，主要研究RNA上的化学修饰如何影响RNA的稳定性、剪接、翻译、降解等过程，从而调控基因表达。RNA修饰种类超过170种，其中腺苷甲基化修饰是研究最广泛的一类。m1A（N1-甲基腺苷）是腺苷N1位发生甲基化的修饰，与著名的m6A（N6-甲基腺苷）同为重要腺苷甲基化，但位置和功能不同。

mRNA上的m1A修饰通常富集在翻译起始位点（TIS）附近和5'UTR区域，能显著影响mRNA的翻译效率、结构稳定性和降解速率。m1A的引入会改变腺苷的氢键模式（带正电荷），从而影响RNA二级结构和蛋白结合。m1A修饰是动态可逆的，由写入酶（如TRMT6/TRMT61A复合物）、擦除酶（如ALKBH3、FTO）和阅读蛋白共同调控。

在复杂生物过程中（如发育、应激、癌变），不同RNA分子或同一RNA在不同细胞/条件下m1A修饰存在显著异质性。传统方法难以全转录组定位m1A，而m1A meRIP-seq实现了转录组水平的m1A修饰图谱绘制，帮助科学家解析这一修饰在基因表达调控中的功能。

技术原理

m1A meRIP-seq是基于抗体富集的转录组m1A修饰检测技术。其核心原理是利用特异性识别m1A的抗体对RNA片段进行免疫沉淀（IP），富集带有m1A修饰的RNA，再通过高通量测序和生物信息学分析鉴定修饰位置。

主要实验流程：

1.RNA提取与质量控制：从细胞或组织中提取总RNA（推荐RIN≥7.0），可选poly(A)富集mRNA。
2.RNA片段化：使用化学或酶法将RNA打断成约100-200 nt的片段，便于抗体识别和后续测序。
3.免疫沉淀（meRIP）：加入特异性m1A抗体与RNA片段孵育，抗体特异结合带有m1A的片段；使用磁珠捕获抗体-RNA复合物，洗脱后获得富集的m1A修饰RNA。同时保留Input对照。
4.文库构建与测序：对IP和Input样本分别进行逆转录、接头连接、PCR扩增，构建测序文库，进行高通量测序。
5.生物信息学分析：原始数据质控 → 比对到参考转录组 → peak calling→ 差异peak分析 → motif富集、功能注释等。