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UID RNA-seq(UID转录组测序)

 

生物体细胞内存在着多种RNA,以真核生物为例,除了编码蛋白质的mRNA之外,还存在大量非编码的RNA。根据其功能又可以分为house keeping ncRNA(rRNA和tRNA)和Regulatory ncRNA。

UID lncRNA-seq (UID全转录组测序)

 

LncRNA-seq是为lncRNA的鉴定、表达检测发展出来的测序方法。其技术原理,是对RNA中含量最高的rRNA进行剔除,进而通过磁珠筛选去除含量较高的小型RNA如tRNA、snRNA等,然后对剩下的所有RNA进行建库测序。

UID miRNA-seq (UID小RNA测序)

 

miRNA-seq是为检测miRNA的表达情况发展出来的高通量测序方法。miRNA加工过程中的Drosha、Dicer都是RNase III家族核酸酶,因此miRNA的5’为-PO4基团,3‘为-OH基团,可以直接用于连接反应。

UID Dual RNA-seq (UID互作转录组测序)

 

互作转录组(Dual RNA-seq)就是为了解决此类问题开发出的测序技术。Dual RNA-seq无需分离两物种,同时提取病原体和宿主的RNA,只构建一个转录组文库,便能同时对2个(或多个)物种的基因表达情况进行...

外泌体测序

 

细胞会释放大小和细胞内产生来源不同的细胞外囊泡(Extracellular vesicles, EV)。外泌体(Exosome)是一类直径在30-150 nm,由内体(Endosome)产生的小细胞外囊泡 (sEV),几乎所有细胞均会分泌。

Nanopore cDNA全长转录组

 

Nanopore cDNA 全长转录组测序支持最长 4.65Mb 的无限制读长,可完整读取转录本、规避拼接错误,兼具实时测序、电子靶向能力,还能精准识别融合基因、可变剪接等复杂转录事件。

Nanopore Direct RNA-seq

 

Nanopore Direct RNA-seq的基本原理是:单个DNA分子首先在施加的电势下进入纳米孔,然后通过解旋酶马达调控天然RNA的运动速度,使其逐个碱基地通过孔。在此过程中,流经孔的离子电流取决于流经孔的碱基序列...

二代单细胞转录组

 

二代单细胞转录组测序(scRNA-seq) 是利用NGS测序技术在单个细胞水平解析全转录组基因表达的高通量方法。它能揭示组织/样本中的细胞异质性、稀有细胞类型、动态细胞状态和基因调控网络,远超传统 bulk RNA-seq 的平均化信号。

 

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二代单细胞转录组

TRANSCRIPTOME

二代绝对定量转录组

TRANSCRIPTOME

三代全长转录组

TRANSCRIPTOME

空间转录组

空间转录组

 

空间转录组测序是在保留组织原位空间位置信息的同时,对基因表达进行高通量检测的技术。它将传统的转录组数据与组织形态学、病理学图像相结合。揭示细胞在组织微环境中的空间异质性、细胞通讯和功能分区,是单细胞转录组(scRNA-seq)的自然延伸和升级。

TRANSCRIPTOME

二代单细胞转录组

TRANSCRIPTOME

三代单细胞转录组

三代单细胞转录组

 

三代单细胞转录组测序(Long-read scRNA-seq / scISO-seq) 是利用第三代测序(TGS,长读长测序)技术在单个细胞水平获得全长转录本(full-length transcripts)的高通量方法。它克服了二代短读长 scRNA-seq 在可变剪接(alternative splicing)、融合基因、新转录本和 isoform 水平解析上的局限,能直接捕获完整 mRNA(包括 5'UTR、编码区、3'UTR 和 polyA 尾),揭示更精细的转录异质性和调控机制。

 

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