细菌完成图测序是微生物功能研究的核心基础。传统二代测序虽通量高、准确率高，但短读长难以跨越重复序列与高GC区域，导致基因组组装碎片化、无法获得完整环状染色体与质粒结构。单独使用Nanopore长读长测序虽可解决组装连续性问题，但原始数据准确率相对较低。NGS短读长+Nanopore长读长联合策略则优势互补，通过二代测序提供高质量短片段纠错，三代长读长实现跨度组装，最终获得无缺口的细菌完成图。

Nanopore 原生 DNA 修饰测序是一项快速发展的前沿技术。传统二代测序虽能通过富集或化学处理间接推断碱基修饰，但存在流程复杂、无法在单分子水平直接读取修饰信息等局限。Nanopore 的优势在于读长超长、无需富集或抗体捕获即可直接检测5mC、5hmC、4mC和6mA等修饰，能够在单分子全基因组尺度上获取真实的修饰分布，实现更高的灵敏度与准确性。

宏基因组是一种新的，可用于快速分析微生物复杂基因组的方法，它提取环境中的全基因组DNA，构建DNA文库并进行高通量测序。对数据进行分析，不仅能够获得环境中微生物的组成及丰度信息，还可以通过相关功能及代谢通路注释，获得这些微生物全面的微生物基因组信息，以及在环境中可能的功能。

外显子测序相对于基因组重测序而言，只需针对外显子区域的DNA进行测序，其覆盖度更深、数据准确性更高，也更加简便、经济、高效。特别是对于研究已知基因的SNP、InDel 等，具有较大的优势，在疾病的检测和分析领域具有独特的优势和广泛的应用。

全基因组重测序(Genome resequencing)是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。通过序列比对，可以分析不同个体基因组间的结构差异，如寻找单核苷酸多态性位点(SNP)、插入缺失位点(InDel，Insertion/Deletion)、结构变异位点(SV，Structure Variation)位点等。