miRNA-seq仅能检测miRNA吗？

不是的，miRNA-seq还可以检测部分piRNA、siRNA等小RNA的表达

miRNA是一类长度为10-30 nt的调控RNA，它可以通过降解mRNA、调控翻译的起始、延伸等过程，调控基因的表达。miRNA绝大部分是pol II转录的pri-miRNA经过一系列加工过程成熟的，其加工过程主要有：

Drosha/DGCR8复合物将pri-miRNA切割成70 nt左右的茎环结构，生成pre-miRNA；
Exportin5将pre-miRNA转运到细胞质中；
Dicer进一步切割生成22 bp左右的双链miRNA；
Ago2 RISC复合体将降解其中一条链，生成成熟的RISC复合体；
miRNA引导RISC复合体到mRNA上，行使其翻译调控、RNA降解等调控功能；

miRNA-seq

miRNA-seq是为检测miRNA的表达情况发展出来的高通量测序方法。miRNA加工过程中的Drosha、Dicer都是RNase III家族核酸酶，因此miRNA的5’为-PO4基团，3‘为-OH基团，可以直接用于连接反应。另外其长度为特征性的18-30 nt，因此通过直接对Total RNA进行连接反应，并回收插入长度在18-30nt的片段，就可以富集miRNA、建库测序，并分析miRNA的表达情况。