样本量少！分选细胞！全血！康测科技2024年高分免疫组学文章盘点
T细胞和B细胞是机体适应性免疫应答的关键细胞，分别介导细胞免疫和体液免疫。T细胞和B细胞对抗原的识别依赖于细胞表面的T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）。由于V（D）J基因片段的重组和重排，T/BCR具有高度多样性。T/BCR-seq是检测T/BCR重排序列和丰度情况、分析T/BCR多样性的技术，在肿瘤免疫、移植耐受、疫苗研发等领域被广泛应用。
特殊的样本类型往往会增加T/BCR-seq成功的难度。如分选的细胞，可用于提取RNA的量很少；冷冻的全血样品，不仅成分复杂，而且RNA十分容易降解。小编整理了2024年分别发表在Cell、Science Immunology、Signal Transduction and Targeted Therapy和Advanced Functional Materials上的高分免疫组学项目文章，看看面对上述问题，康测科技是如何妥善解决的。
（一）
对于冷冻的小鼠全血（未分离红细胞），康测科技采取特殊方式提取RNA并使用柱法对提取后的RNA进行纯化。康测科技采用自动化建库方案，减少人为因素带来的损失。由于UMI可以有效去除PCR扩增偏好和测序引入的重复，并进行准确纠错。因此，在起始量较少时可以适当增加PCR循环数以保证文库产出。
此外，康测科技根据客户需求进行售后分析调整，提供了SVG格式的分析结果，BCR IGH各亚型分布比例和多样性分析（D50）结果获得客户认可，在正文中展示。
【题目】A protein vaccine of RBD integrated with immune evasion mutation shows broad protection against SARS-CoV-2
【发表期刊】Signal Transduction and Targeted Therapy
【发表时间】2024年11月6日
【IF】40.8
【发表单位】中国医学科学院北京协和医学院
【康测科技提供技术】UMI BCR-seq和UMI RNA-seq
严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的变异株不断出现并逃避免疫，导致接种疫苗人群出现突破性感染。因此，迫切需要研制具有广泛保护作用的疫苗。本研究初步探索并验证了以受体结合域（RBD）为免疫原，并引入有助于免疫逃逸的热点突变以开发广谱疫苗的可行性。研究表明cRBD对SARS-CoV-2变异株具有广泛的保护作用。与BA.1 RBD蛋白相比，cRBD蛋白诱导产生更高水平的广谱中和抗体，表明cRBD具有更强、更广泛的保护功效。病毒感染小鼠模型中，cRBD在减轻肺病理损伤方面比BA.1 RBD更有效。其中，cRBD3表现出最佳的广谱和保护作用。研究为SARS-CoV-2广谱疫苗研发提供思路。
康测科技为本研究提供UMI RNA-seq和UMI BCR-seq技术服务，深入探究cRBD疫苗接种后广谱差异的分子机制。其中，UMI RNA-seq揭示先天和适应性免疫途径相关基因的表达变化以及差异基因的通路富集情况。UMI BCR-seq揭示cRBD诱导的BCR库差异。
（二）
对于分选的脾细胞。由于细胞量少，在使用Trizol法提取RNA时，添加物质A增加RNA回收率。再通过自动化建库和适当提高PCR循环数，最终实验一次成功。
【题目】Single Cell Microgels for High-Throughput Magnetic Sorting and Sequencing of Antigen-Specific Antibodies
【发表期刊】Advanced Functional Materials
【发表时间】2024年2月25日
【IF】19
【发表单位】南京工业大学&中国药科大学
【康测科技提供技术】UMI BCR-seq
通过挖掘浆细胞和浆母细胞的抗体库，加速了用于治疗和研究目的的高效抗体的发现进程。磁性活化细胞分选（MACS）是一种公认的细胞分选方法。但是，分泌的IgG会迅速从细胞中扩散出去，因此需要专门的技术来划分单个细胞并捕获其分泌物以进行MACS分离。本研究开发出原位可交联微凝胶，用于对分泌所需抗体的目标脾细胞进行高通量MACS分离。
康测科技为本研究提供UMI BCR-seq技术服务，检测基于微凝胶的MACS分离获得的脾细胞中BCR库情况。
针对TCR-seq，康测科技引入VNL-96P全自动液体处理工作站，采用自动化建库方案和UMI技术去重纠错，项目成功有很大的保障。2024年的2篇TCR-seq高分文章全是实验一把过，过程十分顺利。
（三）
【题目】Neutrophil profiling illuminates anti-tumor antigen-presenting potency
【发表期刊】Cell
【发表时间】2024年3月5日
【IF】64.5
【发表单位】复旦大学附属中山医院
【康测科技提供技术】UMI TCR-seq
中性粒细胞是对抗病原体最丰富、最有效的防御者，是肿瘤微环境的重要组成部分。然而，由于半衰期短，探索中性粒细胞在癌症中的特定命运仍然具有挑战性。本研究整合了17个癌种、143名患者共计225份样本的中性粒细胞scRNA-seq数据，并通过聚类分析，将中性粒细胞划分为10个亚群，包括HLA-DR+CD74+抗原递呈型、VEGFA+SPP1+促血管新生型、CXCL8+IL1B+炎症型等。不同的亚群分别对应不同的免疫表型、趋化因子特征和成熟状态。研究发现通过亮氨酸代谢和H3K27ac修饰可以诱发抗原递呈程序，HLA-DR+CD74+中性粒细胞可以将肿瘤新抗原递呈至T细胞，引发TCR基因重排并增强抗原特异性应答。
康测科技为本研究提供UMI TCR-seq技术服务，被用于评价HLA-DR+CD74+中性粒细胞诱发的反应性T细胞反应，补充证明其免疫促进功能，为后续深入挖掘抗肿瘤治疗价值奠定基础。
（四）
【题目】Targeted depletion of PD-1–expressing cells induces immune tolerance through peripheral clonal deletion
【发表期刊】Science Immunology
【发表时间】2024年4月26日
【IF】24.8
【发表单位】华中科技大学同济医学院附属协和医院
【康测科技提供技术】UMI TCR-seq
胸腺对T细胞受体（TCR）库的阴性选择对于器官移植后建立自身耐受和获得性同种异体移植耐受至关重要。然而，目前尚不清楚同种反应性T细胞的外周克隆清除是否以及如何诱导移植耐受。本研究发现，程序性死亡受体1（PD-1）是同种反应性T细胞的标志物，并且与同种异体抗原接触后的克隆扩增有关。白喉毒素受体（DTR）介导的PD-1+细胞消融通过同种反应性T细胞的外周克隆清除重塑了TCR库，并促进小鼠移植模型的耐受。利用抗体特异性耗竭PD-1+细胞可防止人源化PD-1小鼠的心脏移植排斥和实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的发展。研究揭示PD-1是外周克隆清除和诱导免疫耐受的有吸引力的靶点。
康测科技为本研究提供UMI TCR-seq技术服务，检测DT（白喉毒素处理）、PBS和ISO组（对照）中TCR库的变化情况，进而阐明PD-1+细胞耗竭诱导的移植耐受的潜在机制。
参考文献
1. Jieru Chen, Xiaoxuan Lin, Fang Sun, et al. Single Cell Microgels for High-Throughput Magnetic Sorting and Sequencing of Antigen-Specific Antibodies[J]. Advanced Functional Materials, 2024
2. Jikai Cui, Heng Xu, Jizhang Yu, et al. Targeted depletion of PD-1–expressing cells induces immune tolerance through peripheral clonal deletion[J]. Science Immunology, 2024
3. Ran An, Hao Yang, Cong Tang, et al. A protein vaccine of RBD integrated with immune evasion mutation shows broad protection against SARS-CoV-2[J]. Signal Transduction and Targeted Therapy, 2024
4. Yingcheng Wu, Jiaqiang Ma, Xupeng Yang, et al. Neutrophil profiling illuminates anti-tumor antigen-presenting potency[J]. Cell, 2024
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康测致力于先进组学技术的开发和在生物医学研究领域的应用，建立了涵盖基因组学、表观基因组学、转录组学、表观转录组学、免疫组学和互作组学的全面组学服务体系。而在医学检测方面，康测基于自主研发的SMP（Stranded Multiplex PCR）靶向测序技术，可提供检测灵敏度和特异性均为100%的MRD一站式自动化解决方案。
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