rG4 RIP-seq 是基于结构特异性抗体的RNA免疫沉淀测序技术。其核心原理是利用高亲和力rG4结构特异性抗体（如BG4单克隆抗体）在温和条件下特异性识别并富集形成G-四联体的RNA片段，随后通过高通量测序鉴定这些rG4相关转录本。

m1A meRIP-seq是基于抗体富集的转录组m1A修饰检测技术。其核心原理是利用特异性识别m1A的抗体对RNA片段进行免疫沉淀（IP），富集带有m1A修饰的RNA，再通过高通量测序和生物信息学分析鉴定修饰位置。

dsRNA dsRIP-seq 是基于结构特异性抗体的RNA免疫沉淀测序技术。其核心原理是利用高特异性dsRNA抗体（如J2抗体）在温和条件下识别并富集细胞内形成双链结构的RNA片段，随后通过高通量测序鉴定这些dsRNA相关区域。

ac4C Reda C:T-seq 是基于化学还原的单碱基分辨率ac4C检测技术。其核心原理是利用NaBH₄（硼氢化钠）等还原剂选择性还原ac4C，使其转化为可导致逆转录过程中C→T错配的修饰形式，再通过高通量测序捕捉这些特征突变。

Nanopore DRS检测RNA修饰原理：测序过程中修饰碱基和未修饰碱基通过纳米孔时产生的电流特征不同。通过特定软件算法对这些电流信号进行分析，从而鉴定RNA分子上的修饰信息。

相比RIP-seq，为了提高鉴定RBP(RNA结合蛋白)结合序列的分辨率，开发的技术中以CLIP-seq及其衍生技术最为通用。LACE-seq依据eCLIP-seq基本实验原理:交联形成蛋白-RNA复合物，逆转录过程在交联位点终止，并在此基础上优化eCLIP-seq实验显影切胶操作复杂的缺点，实现以单碱基分辨率鉴定RBP在全转录组范围内的结合位点。

为了提高文库生成效率，增强紫外交联免疫沉淀测序（eCLIP-seq）应运而生。eCLIP-seq改进了RNA片段文库制备、省略了RNA放射标记和放射自显像步骤、使用片段大小匹配的input作为背景，这些措施减少样品起始量、降低了扩增循环数、提高了RBP靶标的识别、增加了可用测序数据比例、提高了信噪比和重复性。

RIP-seq(RNA免疫沉淀结合高通量测序)通过免疫沉淀目的蛋白来捕获蛋白体内结合的RNA，将捕获的RNA进行高通量测序，可获得RNA结合蛋白(RBP)在体内与众多RNA靶标的结合模式及其结合强度。最终通过分析目的蛋白在体内结合RNA的动态变化，阐述出目的蛋白对基因表达调控的分子机制，RIP-seq也被应用于miRNA靶标鉴定、IncRNA生物学功能研究等。